Die Kirche wurde am 2. März 1873 in Anwesenheit des Kaisers geweiht.
Die Kirchengemeinde hat sich für ihren Einsatz gegen autoritäre Regimes einen weit über deutsche Grenzen hinausgehenden Bekanntheitsgrad erworben. Schon 1931 und 1932 hat der Widerstandskämpfer Dietrich Bonhoeffer hier gewirkt.
Durch aktive Unterstützung der Gemeinde des Widerstandes gegen das DDR-Regime wurde die Kirche und ihre Gemeindemitglieder immer wieder zum Ziel der Staatssicherheit. Durch eine baupolizeiliche Sperrung des Eingangsbereichs sollte die Widerstandsbewegung gebrochen werden. Deshalb wurden Großveranstaltungen in die Gethsemanekirche verlegt.